مطابق اصل ۱۰۷ قانون اساسی مصوب سال ۱۳۵۸، انتخاب رهبری بر عهده نمایندگان مجلس خبرگان قرار دارد.
آنگاه که بحث از مصداق رهبری برای رأی‌گیری به میان آمد و نام آیت‌الله خامنه‌ای مطرح شد، برخی از نمایندگان که از نظر امام خمینی(ره)، مبنی بر صلاحیت آیت‌الله خامنه‌ای برای رهبری نظام اطلاع اجمالی داشتند خواستار توضیح شاهدان آن شدند.
دو نفر از شاهدان نقل امام خمینی که خود عضو مجلس خبرگان بودند، انتساب این نظر به امام را تأیید کردند.
همچنین گفته دیگری از امام مبنی بر شایستگی آیت‌الله خامنه‌ای برای رهبری که در جریان سفر اخیر ایشان به چین و کره شمالی ابراز کرده بودند، نیز در آن جلسه با واسطه نقل شد.
در پی این اظهارنظرها رأی‌گیری به عمل آمد و اکثریت قاطع نمایندگان مجلس خبرگان با توجه به نظر امام راحل و صلاحیت‌های دینی، علمی و سیاسی آیت‌الله خامنه‌ای، معظم‌له را به رهبری نظام جمهوری اسلامی انتخاب کردند.
آیت‌الله خامنه‌ای خود به این موضوع اشاره کرده، می‌گویند تا زمانی که موضوع انتخاب را متعَین ندانستم از پذیرش آن مقام امتناع می‌کردم .
پس از بازنگری در قانون اساسی و انجام همه‌پرسی، مجلس خبرگان رهبری یک بار دیگر براساس قانون اساسی جدید در مورد رهبری معظم‌له رأی‌گیری کرد و اکثریت قاطع مجدداً معظم‌له را به رهبری نظام انتخاب کردند.
برخی زمینه‌های اصلی نظر امام راحل بر رهبری آیت‌الله خامنه‌ای عبارتند از: مبارزه طولانی‌مدت برای تحقق حکومت اسلامی، اعتقاد راسخ و روشن به انقلاب اسلامی و نظام جمهوری اسلامی، بیش از یک دهه فعالیتهای همه‌جانبه‌ی سیاسی، اجرایی و فرهنگی برای استقرار نظام جمهوری اسلامی، روشن‌بینی دینی، تسلط علمی بر مبانی دینی، سلوک فردی و اجتماعی، زهد و پارسایی.
امام خمینی (ره) به مناسبتهای گوناگون شایستگی‌ها، تعهد و خدمتگزاری آیت‌الله خامنه‌ای در راه خدمت به نظام جمهوری اسلامی را مورد تأیید قرار داده بودند.
امام خمینی تاریخ ۷ تیر ۱۳۶۰ در بخشی از پیام‌شان به مناسبت ترور آیت‌الله خامنه‌ای فرموده‌اند: «اکنون دشمنان انقلاب با سوء قصد به شما که از سلاله‌ی رسول اکرم و خاندان حسین‌بن‌علی هستید و جرمی جز خدمت به اسلام و کشور اسلامی ندارید و سربازی فدارکار در جبهه‌ی جنگ و معلمی آموزنده در محراب و خطیبی توانا در جمعه و جماعات و راهنمایی دلسوز در صحنه‌ی انقلاب می‌باشید، میزان تفکر سیاسی خود و طرف‌داری از خلق و مخالف با ستمگران را به ثبت رساندید.
اینان با سوء‌قصد به شما عواطف میلیونها انسان متعهد را در سراسر کشور بلکه جهان جریحه‌دار نمودند. اینان آن‌قدر از بینش سیاسی بی‌نصیب‌اند که بی‌درنگ پس از سخنان شما در مجلس و جمعه و پیشگاه ملت به این جنایت دست زدند و به کسی سوء قصد کردند که آوای دعوت او به صلاح و سداد در گوش مسلمین جهان طنین‌انداز است.
من به شما خامنه‌ای عزیز، تبریک می‌گویم که در جبهه‌های نبرد با لباس سربازی و در پشت جبهه با لباس روحانی به این ملت مظلوم خدمت نموده و از خداوند تعالی سلامت شما را برای ادامه‌ی خدمت به اسلام و مسلمین خواستارم»
در تاریخ ۸ شهریور ۱۳۶۵ به افراد و رجال سیاسی توصیه کردند که در گفتارشان به جای عیب‌جویی دائمی، مثل آیت‌الله خامنه‌ای باشند که همیشه همه را نصیحت می‌کند و خدماتش را به رخ مردم نمی‌کشد.
در تاریخ ۲۱ دی ۱۳۶۶ در پاسخ به نامه آیت‌الله خامنه‌ای در مورد ولایت مطلقه فقیه، در بخشی از نامه نوشتند: «اینجانب که از سال‌های قبل از انقلاب با جنابعالی ارتباط نزدیک داشته‌ام و همان ارتباط بحمدالله تعالی تاکنون باقی است، جنابعالی را یکی از بازوهای توانای جمهوری اسلامی می‌دانم و شما را چون برادری آشنا به مسائل فقهی و متعهد به آن هستید و از مبانی فقهی مربوط به ولایت مطلقه فقیه جداً جانبداری می‌کنید، می‌دانم و در بین دوستان و متعهدان به اسلام و مبانی اسلامی از جمله افراد نادری هستید که چون خورشید، روشنی می‌دهید»
حجت‌الاسلام والمسلمین سیداحمد خمینی، نزدیکترین فرد به امام خمینی که مشاور و مورد وثوق کامل ایشان بود، نقل کرده که امام در پی سفر خارجی آیت‌الله خامنه‌ای گفتند: «الحق ایشان شایستگی رهبری را دارند»
زهرا مصطفوی، دختر امام خمینی (ره) بیان کرده که آنگاه که از امام درباره‌ی رهبری آینده نظام پرسیده است ایشان از آیت‌الله خامنه‌ای نام بردند و آنگاه که از مقام علمی آیت‌الله خامنه‌ای سؤال کرده است ایشان اجتهاد آیت‌الله خامنه‌ای را تأیید کرده‌اند .
بدون تردید مقطع زمانی انتخاب حضرت آیت‌الله خامنه‌ای به رهبری نظام دارای اهمیت و حساسیت ویژه‌ای بوده است. برخی نگرانی‌ها که در پی بیماری امام خمینی قدس سره بوجود آمده بود عبارت بودند از:
۱- مدیریت کشور در دوره‌ی پس از امام خمینی(ره) .
۲- ناتمام بودن اصلاح و بازنگری قانون اساسی
۳- نگرانی از حمله یا تحریکات نظامی عراق، امریکا و منافقین؛ با توجه به نقض مکرر آتش‌بس توسط عراق و تبلیغات وسیع برای پیروز قلمداد کردن خود در جنگ.
اما آنچه همه نگرانی‌ها را به امید تبدیل کرد عبارت بودند از:
۱- انتخاب آیت‌الله خامنه‌ای به مقام رهبری که در کوتاه‌ترین زمان روی داد.
۲- تشییع و وداع میلیونی و بی‌نظیر مردم با امام خمینی (ره) و شکل گرفتن بزرگ‌ترین تشییع و وداع با یک رهبر مردمی که همچون طوفان عظیمی احتمال هرگونه توطئه دشمن را منتفی کرد.
۳- تأیید و بیعت مسؤولان ارشد نظام و نهادهای مختلف کشور، بیت امام، مراجع تقلید و علما از جمله آیات عظام اراکی، مرعشی نجفی، آیت‌الله میرزا هاشم آملی، آیت‌الله العظمی گلپایگانی و آیت‌الله مشکینی، نخبگان، شخصیت‌های حوزوی و دانشگاهی، خانواده‌های شهدا و اقشار مختلف مردم
۴ـ حاج سیداحمد خمینی ساعاتی پس از انتخاب حضرت آیت‌الله خامنه‌ای به رهبری با ارسال پیام تبریکی به ایشان اظهار داشت: «حضرت امام بارها از جنابعالی به عنوان مجتهد مسلم و نیز بهترین فرد برای رهبری نظام اسلامی‌مان نام می‌بردند. من و تمامی اعضای بیت امام از حضرات آیات خبرگان محترم صمیمانه تشکر می‌نماییم؛ چرا که معتقدیم روح امام عزیزمان از این انتخاب شاد و آرام شده است. من بار دیگر چون برادری کوچک اوامر آن ولی فقیه را بر خود لازم‌الاجرا می‌دانم».
«کاروانهای میثاق با امام و بیعت با رهبری» در آستانه‌ی چهلمین روز ارتحال امام خمینی از سراسر کشور به راه افتاد و «مانورهای بیعت با رهبری» در برخی مناطق مرزی و استراتژیک کشور و نیز برگزاری «سمینارهای میثاق با امام، بیعت با رهبری» شکل گرفت .
بیعت با آیت‌الله خامنه‌ای، ماهها بعد استمرار یافت و به جهانیان ثابت کرد که ایران با رهبری آیت‌الله خامنه‌ای همچنان پرچمدار امت اسلامی است.
آیت‌الله خامنه‌ای از امام خمینی به عنوان «ریشه‌ی شجره‌ی طیبه‌ی انقلاب» یاد کردند و اعلام کردند: ما راه خود را بر اساس راه امام (ره) ادامه خواهیم داد»
؛ در سالروز ولادت کریم اهل‌بیت حضرت امام حسن مجتبی (علیه‌السلام)، جمعی از اهالی فرهنگ، شعر و ادب فارسی میهمان ضیافت افطار رهبر انقلاب هستند.
؛ آیت الله امامی کاشانی خطیب موقت نماز جمعه تهران درباره اهمیت شبهای قدر اظهار داشت : قدرت نفوذ شیطان در شبهای قدر بسیار کم می‌شود و شاید به صفر برسد.